Отдел тайн занимается изучением различных загадок, но практически вся работа Отдела засекречена. Немногие сотрудники Министерства знают, что на самом деле находится в этом Отделе. Отдел работает над разгадкой тайн смерти, времени, мыслей и любви, а также записывает и хранит все когда-либо сделанные пророчества. Отдел тайн состоит из следующих комнат:

1). Круглая комната с вращающимися стенами: Как только все двери в ней закрываются, стены начинают вращаться, тем самым сбивая находящихся в ней с пути и заставляя забыть, в какую дверь они вошли. Если вслух произнести место, в которое нужно попасть, откроется соответствующая дверь.
2). Комната мозгов: Длинное прямоугольное помещение, в центре которого расположен аквариум с зелёным раствором и плавающими в нём мозгами.
3). Комната смерти: Большая прямоугольная, тускло освещённая комната. По кругу комнаты расположены ступеньки, ведущие вниз, образуя подобие ямы. На дне ямы на каменной платформе расположена древняя, покрытая трещинами арка, проём которой закрыт чёрным колышущимся занавесом.
4). Комната времени: В этой комнате находятся многочисленные часы всевозможных видов, а также маховики времени, позволяющие носителю вернуться назад в прошлое на заданный промежуток времени. Также в комнате находится искрящийся хрустальный сосуд, внутри которого всё постепенно становится моложе и моложе, а затем также возвращается в исходное состояние. Процесс этот идёт бесконечно.
5). Комната планет: Тёмная комната, в которой парят планеты Солнечной системы. Посетители комнаты также начинают летать в воздухе.
6). Запертая комната: Это комната в Отделе тайн, которая всегда закрыта, и её нельзя отпереть ни заклятием Алохомора, ни волшебным отпирающим ножом. За этой дверью находится самая загадочная из всех тайн, которые люди пытаются раскрыть.
7). Зал пророчеств: Огромное помещение с высоким, как в соборе, потолком, уставленное бесконечными рядами стеллажей, на полках которых хранятся пыльные стеклянные сферы, магические записи пророчеств. Они защищены с помощью магии, поэтому снять пророчество с полки может лишь хранитель Зала пророчеств, либо тот человек, о котором сделано это предсказание.